年末調整、会社は何をすればいい？

従業員に書類を配り、回収して、計算して、精算する。年末調整は毎年やってくる手続きです。

給与担当者がいない小さな会社では、経営者自身が対応することも多いでしょう。

何を、いつまでに、どうすればいいのか。年末調整の基本と実務の流れを整理します。

年末調整は、会社が税金を精算する手続き

会社は毎月、従業員の給与から所得税を差し引いています（源泉徴収）。

ただし、毎月の差し引き額は、その時点の給与や扶養状況などをもとに計算した金額です。年間の給与総額や控除が確定すると、実際に納めるべき税額との間に差が生じることがあります。

この差を精算するのが年末調整です。

税金を多く差し引いていた場合は従業員に還付し、不足していた場合は追加で徴収します。

多くの給与所得者が確定申告をしなくても済むのは、会社がこの手続きを行っているからです。

従業員が1人でも、必要になる

年末調整は、会社の規模に関係なく必要となる手続きです。

一般的には、年末まで勤務していて、「給与所得者の扶養控除等申告書」を提出している従業員が対象になります。パートやアルバイト、役員も対象になることがあります。

ただし、年間の給与が2,000万円を超える人など、対象にならない場合もあります。

年の途中で退職した人については、一定の例外を除き、退職時に年末調整を行いません。その後、別の会社に就職して年末調整を受ける場合もあれば、必要に応じて自分で確定申告をする場合もあります。

まずは、誰が年末調整の対象になるのかを確認することから始めましょう。

会社がやること、時期ごとの流れ

10〜11月｜書類の配布・回収

従業員から、扶養親族や配偶者の所得、保険料の支払状況など、年末調整に必要な情報を集めます。

扶養控除等申告書、基礎控除申告書、配偶者控除等申告書、保険料控除申告書など、該当する書類を確認します。転職してきた従業員がいる場合は、前職の源泉徴収票も必要になることがあります。

記入漏れや控除証明書の不足がないかを確認するのも、この時期の大切な仕事です。

11〜12月｜年間の給与と税額の計算

1年間の給与・賞与と源泉徴収額を集計し、申告書をもとに各種控除を反映して年間の所得税額を計算します。

給与計算ソフトを使えば計算作業を効率化できますが、扶養親族の情報や保険料の金額など、もとの情報が間違っていれば結果も間違います。

ソフトを使う場合でも、入力内容の確認は欠かせません。

12月〜翌年1月｜税額の精算

年間の税額と、それまでに源泉徴収した金額との差額を精算します。

多く差し引いていた場合は年末の給与などで還付し、不足していれば追加で徴収します。精算のタイミングは給与支払日などによって異なります。

また、年末調整による過不足額を反映した源泉所得税の納付についても確認が必要です。

翌年1月末まで｜源泉徴収票などの作成・提出

従業員に源泉徴収票を交付します。

また、市区町村への給与支払報告書や、税務署への法定調書関係の提出も必要です。これらは原則として翌年1月31日が期限ですが、休日に当たる場合は翌開庁日となります。

年末調整の計算が終わっても、会社の手続きはまだ残っています。

2026年の年末調整で注意したいこと

2026年分は、税制改正による変更点があります。

基礎控除や給与所得控除の見直し、扶養親族などの所得要件の変更に加え、一定の要件を満たす23歳未満の扶養親族がいる場合の生命保険料控除の特例などが設けられています。

昨年と家族構成が変わっていなくても、控除額や判定が変わる場合があります。

2026年分に対応した申告書や給与計算ソフトを使用し、前年の設定をそのまま使わないよう注意しましょう。

小さな会社がよく困ること

年末調整で時間がかかるのは、計算そのものより、従業員から情報を集めるところだったりします。

転職者の前職の源泉徴収票がなかなか届かない。配偶者の年収見込みがわからない。生命保険料の控除証明書をなくしてしまった。

年末になって初めて確認すると、対応に時間がかかります。

年の途中で扶養家族が増えたり、従業員が結婚したりした場合も、情報が更新されていないことがあります。こうした変化をその都度把握しておくと、年末の作業はずいぶん楽になります。

年末調整は、年末だけの仕事ではありません。

入社時に必要な情報を集める。家族構成に変更があれば更新する。給与・賞与のデータを正しく残す。

こうした日頃の給与管理の積み重ねが、年末の負担を変えます。

税理士に任せられる範囲

年末調整の計算や税務書類の作成は、税理士に依頼できます。

ただし、従業員情報の管理や申告書類の回収をどこまで依頼できるかは、契約内容によって異なります。

会社で情報を集めて税理士に計算を依頼する方法もあれば、給与計算ソフトを使って自社で対応する方法もあります。

大切なのは、どこまでを会社が対応し、どこから専門家に任せるのかを事前に決めておくことです。

毎年の作業を、少しずつ楽にする

年末調整は毎年やってくる手続きです。

基本的な流れは同じでも、従業員の状況や税制は毎年変わります。

扶養が増えた、配偶者が働き始めた、転職者が入った。こうした変化を見落とすと、精算のやり直しが必要になることもあります。

手続きを正しく終わらせることに加えて、毎年の作業が無理なく続けられる形を整えておくこと。

年末調整は、会社の給与管理の仕組みを見直す機会でもあります。